清洁供暖初期改造投入大、后期运维成本高、补贴缺乏可持续性是目前清洁供暖改造中面临的共性问题。“尤其是几年后各地政府逐步降低或取消对电以及天然气的价格补贴，居民是否继续选择使用清洁取暖方式，是否会出现‘返煤’情况需持续关注。”《京津冀及周边地区清洁供暖报告（2017~2018）》（以下简称《报告》）认为，“十三五”期间，冬季清洁供暖工作面临的重大挑战就是如何实现不依赖国家补贴的可持续发展。
“完全依靠财政补贴，‘等要靠’无法做好清洁取暖，各地需深入挖掘潜力，根据实际情况探索适合自身的清洁取暖模式，引导企业和社会加大资金投入。不同的改造路线对财政补贴的依赖程度不同，各地补贴能力与强度也不同。长期来看，随着补贴逐步减少，宜启动更多非现金激励政策模式。”《报告》建议，前期做好充分调研评估，地方政府宜根据当地环保目标、资源禀赋、财政情况、居民承受能力、能源安全可持续保障能力和能源价格水平等，进行充分调研和科学评估，因地制宜设计合适的改造路径。
此外，要因地制宜探索创新清洁取暖投融资模式。按照“谁投资、谁经营、谁受益、谁承担风险”的原则，可把供热设施建设、运营作为特许经营项目公开向社会招标，让供热技术先进、实力雄厚的企业成为供热设施建设的投资主体，促进清洁供热产业资本聚集和成本降低。
