此外，地暖管内的生物黏泥堆积过多还可能造成地暖管内局部堵塞，如果继续使用还可能造成地暖管内堵死。一旦这种情况发生，就只能破坏地面，拆除或更换地暖管路系统才能解决这一问题。这不仅会给用户的生活带来不便，而且还会给用户造成严重的经济损失。
所以，地暖管中的污垢必须及时清除。由于分集水器前端的过滤器只能阻止大颗粒的污染物进入管路系统，对水垢、淤泥锈垢、菌藻却起不到过滤作用。因此，解决地暖管路结垢问题的根本方法只有对地暖管路进行定期清洗。正常情况下，水地暖系统使用超过两年以上就应该定期清洗和维护。
地暖清洗的时间在供暖前、供暖中、供暖后均可。在供暖前清洗，可将管内的生物黏泥杂质全部清洗掉，从而确保供暖期间地暖管路的正常使用，使室内达到最佳温度。在供暖中清洗，可直观感受到温度上升的变化。在供暖后清洗是最为重要的。因为供暖期间的水质较差，个别供暖公司为了防止用户偷水，会在供暖水中加入染料等其他物质，这种物质会导致水质下降，并促使杂质沉积。这时，如果不彻底清除上述物质，大量细菌繁殖后将对用户的身体健康造成严重危害。所以水地暖系统的定期清洗及维护是非常重要的。
由于很少有人会提醒地暖用户及时清洗水地暖系统，而且目前地暖清洗行业还没有形成规模，大多用户的水地暖系统都处于放任自流的状态。目前对地暖管道污垢的清洗，主要有三种方法：化学药剂浸泡、射弹式清洗、脉冲波物理清洗。
化学药剂浸泡清洗。这种清洗方法可充分溶解附着在管壁上的黏泥，它所使用的优质食品级原料制剂不会对地暖管造成腐蚀，且清洗彻底。这种清洗方法的不足之处在于，部分市场投机者往往采用成本低廉的强酸制剂，这种制剂会对管路及相关构件造成腐蚀。
射弹式清洗。这种清洗方法利用清洗弹与管壁间的摩擦力清除附着在管壁上的黏泥，不损伤地暖管道，清洗较彻底。这种清洗方法的不足之处在于，需拆卸地暖管。如果地下管路有接头，施工非常不便且容易使清洗弹卡在管路内。另外，还可能对原分集水器、阀门等相关的部位造成二次损坏。
脉冲波物理清洗。这种清洗方法不需药剂，不拆卸地暖管，清洗较彻底。其独特的清洗原理可同时清洗地暖分集水器主管路及阀门，避免长期结垢导致阀门堵塞现象。这种清洗方法的不足之处在于，施工时受空间限制，特别是某些用户的地暖分集水器安装在隐蔽处，且分集水器两端与墙壁距离过近，从而使施工更加困难。
